Informations générales
Présentation de l'entité pour diffusion interne
Double affectation :
1 - Le Hub de Bioinformatique et Biostatistique est une équipe dirigée par Laurent Essioux et Hervé Menager dont la mission est d'apporter un support en biologie computationnelle aux Unités de recherche et plateformes de l'Institut Pasteur. https://research.pasteur.fr/fr/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/
2 - Unité Algorithmes pour les séquences biologiques - Sequence Bioinformatics https://research.pasteur.fr/en/team/sequence-bioinformatics/
Description du poste
Métier
Bio info / biostat - Ingénieur de recherche confirmé (Bio info / biostat)
Intitulé du poste
Ingénieur·e bioinformaticien·ne en génomique computationnelle et logiciels scientifiques H/F/X
Missions/Activités
La mission principale est de contribuer au développement scientifique, méthodologique et logiciel de projets de recherche en bioinformatique, avec un accent sur la génomique computationnelle, la métagénomique, les méthodes à base de k-mers, l'analyse de données anciennes ou dégradées, l'apprentissage automatique et le passage à l'échelle de logiciels et pipelines d'analyse.
La personne recrutée aura notamment pour missions de :
• Participer aux projets d'analyse bioinformatique soumis au Hub de bioinformatique et biostatistique et associés à la thématique du poste ;
• Conseiller et guider dans l'utilisation de méthodes, outils et bonnes pratiques d'analyse de données génomiques, métagénomiques et paléogénomiques ;
• Maintenir une veille bibliographique et technologique active, et évaluer les outils distribués et les méthodes publiées ;
• Développer des méthodes, logiciels et pipelines d'analyse nouveaux, notamment pour les données de séquençage à grande échelle, les approches à base de k-mers et les méthodes d'apprentissage automatique ;
• Analyser des données en collaboration avec les unités de recherche et plateformes ;
• Participer à l'élaboration, la mise en œuvre et la rédaction de projets collaboratifs et demandes de financement ;
• Contribuer à la rédaction, la soumission et la révision d'articles scientifiques ;
• Co-encadrer des doctorant·es, stagiaires, ingénieur·es ou postdoctorant·es sur les aspects méthodologiques, bioinformatiques et logiciels des projets ;
• Assurer le transfert d'outils et de compétences vers les unités et plateformes ;
• Contribuer à la documentation, à la maintenance et à la diffusion de logiciels scientifiques open source, workflows reproductibles ou outils intégrés dans des environnements partagés tels que Galaxy lorsque pertinent.
Profil
Le poste requiert un profil expérimenté à l'interface entre bioinformatique, recherche méthodologique, développement logiciel scientifique, analyse de données biologiques à grande échelle et appui aux projets collaboratifs.
Le ou la candidat·e devra justifier d'une formation de niveau Bac +5 minimum en bioinformatique, informatique, data science, biologie computationnelle ou discipline apparentée. Une expérience de recherche de niveau doctorat, postdoctorat, ingénierie de recherche avancée ou équivalent est fortement souhaitée.
Compétences attendues :
• Expérience confirmée en recherche bioinformatique, incluant la conception de méthodes, l'analyse critique de résultats et la contribution à des publications scientifiques
• Solide expérience en développement logiciel scientifique, en particulier en Python et/ou C/C++
• Expérience dans le développement d'outils open source, de pipelines reproductibles ou de logiciels utilisés par une communauté scientifique
• Maîtrise des données de séquençage haut débit : génomique, métagénomique, paléogénomique, assemblage, mapping, contrôle qualité, matrices de présence/abondance, méthodes à base de k-mers ou approches apparentées
• Bonne maîtrise des environnements de calcul scientifique : Linux, Bash, Git, HPC, conteneurs, workflows reproductibles
• Expérience avec des jeux de données volumineux et des pipelines scalables
• Connaissance des méthodes d'apprentissage automatique ou profond appliquées aux données biologiques
• Capacité à participer à l'élaboration de projets scientifiques, à la rédaction d'articles et à la préparation de demandes de financement
• Expérience ou aptitude démontrée à l'encadrement scientifique de stagiaires, doctorant·es ou ingénieur·es
• Capacité à accompagner des utilisateurs non spécialistes, à conseiller sur le choix d'outils bioinformatiques et à transférer des compétences vers des unités ou plateformes
• Intérêt pour les pratiques de science ouverte, de reproductibilité, de documentation et de diffusion d'outils à la communauté
• Autonomie, rigueur, sens de l'organisation, capacité à prioriser et à mener un projet de recherche jusqu'à publication
• Très bon relationnel, aptitude au travail en équipe et capacité à interagir avec des profils variés : biologistes, bioinformaticiens, ingénieurs, développeurs, doctorants, postdoctorants, chercheurs, unités de recherche et plateformes
• Très bonnes capacités rédactionnelles en anglais scientifique.
Une expérience préalable dans le développement d'outils pour la métagénomique, l'ADN ancien, les grandes collections de génomes, les méthodes à base de k-mers, l'apprentissage profond, les infrastructures cloud/HPC, Galaxy ou des workflows bioinformatiques reproductibles constituera un atout important.
Le Hub et l'Institut Pasteur s'engagent à promouvoir la parité et la diversité, les candidatures féminines sont encouragées.
Temps de travail
Temps plein
Travail le we
Non
Astreintes
Non
Déplacements
International
Critères candidat
Niveau d'années d'expérience souhaitée
3 à 5 ans
Niveau d'étude souhaité
Bac + 5
Certification ou habilitation requise
Aucune
Compétences linguistiques
Anglais (B2 - Opérationnel)
Localisation du poste
Localisation du poste
France, Paris
Lieu
Paris 15ème - Métro Pasteur
Demandeur
Nom du responsable d'entité
MENAGER
Prénom du responsable d'entité
Hervé
Poste à pourvoir le
01/11/2026
Suivi par
Responsable principal
Nathalie SANSON
Nom
SANSON
Prénom
Nathalie
Email
nathalie.sanson@pasteur.fr
Téléphone
0176535221