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2026-17500 - Ingénieur·e bioinformaticien·ne en génomique computationnelle et logiciels scientifiques H/F/X

Mon, 03 Aug 2026 13:26:07 Z

Métier : Bio info / biostat/Ingénieur de recherche confirmé (Bio info / biostat)
Description du poste :
La mission principale est de contribuer au développement scientifique, méthodologique et logiciel de projets de recherche en bioinformatique, avec un accent sur la génomique computationnelle, la métagénomique, les méthodes à base de k-mers, l'analyse de données anciennes ou dégradées, l'apprentissage automatique et le passage à l'échelle de logiciels et pipelines d'analyse. La personne recrutée aura notamment pour missions de : • Participer aux projets d'analyse bioinformatique soumis au Hub de bioinformatique et biostatistique et associés à la thématique du poste ; • Conseiller et guider dans l'utilisation de méthodes, outils et bonnes pratiques d'analyse de données génomiques, métagénomiques et paléogénomiques ; • Maintenir une veille bibliographique et technologique active, et évaluer les outils distribués et les méthodes publiées ; • Développer des méthodes, logiciels et pipelines d'analyse nouveaux, notamment pour les données de séquençage à grande échelle, les approches à base de k-mers et les méthodes d'apprentissage automatique ; • Analyser des données en collaboration avec les unités de recherche et plateformes ; • Participer à l'élaboration, la mise en œuvre et la rédaction de projets collaboratifs et demandes de financement ; • Contribuer à la rédaction, la soumission et la révision d'articles scientifiques ; • Co-encadrer des doctorant·es, stagiaires, ingénieur·es ou postdoctorant·es sur les aspects méthodologiques, bioinformatiques et logiciels des projets ; • Assurer le transfert d'outils et de compétences vers les unités et plateformes ; • Contribuer à la documentation, à la maintenance et à la diffusion de logiciels scientifiques open source, workflows reproductibles ou outils intégrés dans des environnements partagés tels que Galaxy lorsque pertinent.

Le poste requiert un profil expérimenté à l'interface entre bioinformatique, recherche méthodologique, développement logiciel scientifique, analyse de données biologiques à grande échelle et appui aux projets collaboratifs. Le ou la candidat·e devra justifier d'une formation de niveau Bac +5 minimum en bioinformatique, informatique, data science, biologie computationnelle ou discipline apparentée. Une expérience de recherche de niveau doctorat, postdoctorat, ingénierie de recherche avancée ou équivalent est fortement souhaitée. Compétences attendues : • Expérience confirmée en recherche bioinformatique, incluant la conception de méthodes, l'analyse critique de résultats et la contribution à des publications scientifiques • Solide expérience en développement logiciel scientifique, en particulier en Python et/ou C/C++ • Expérience dans le développement d'outils open source, de pipelines reproductibles ou de logiciels utilisés par une communauté scientifique • Maîtrise des données de séquençage haut débit : génomique, métagénomique, paléogénomique, assemblage, mapping, contrôle qualité, matrices de présence/abondance, méthodes à base de k-mers ou approches apparentées • Bonne maîtrise des environnements de calcul scientifique : Linux, Bash, Git, HPC, conteneurs, workflows reproductibles • Expérience avec des jeux de données volumineux et des pipelines scalables • Connaissance des méthodes d'apprentissage automatique ou profond appliquées aux données biologiques • Capacité à participer à l'élaboration de projets scientifiques, à la rédaction d'articles et à la préparation de demandes de financement • Expérience ou aptitude démontrée à l'encadrement scientifique de stagiaires, doctorant·es ou ingénieur·es • Capacité à accompagner des utilisateurs non spécialistes, à conseiller sur le choix d'outils bioinformatiques et à transférer des compétences vers des unités ou plateformes • Intérêt pour les pratiques de science ouverte, de reproductibilité, de documentation et de diffusion d'outils à la communauté • Autonomie, rigueur, sens de l'organisation, capacité à prioriser et à mener un projet de recherche jusqu'à publication • Très bon relationnel, aptitude au travail en équipe et capacité à interagir avec des profils variés : biologistes, bioinformaticiens, ingénieurs, développeurs, doctorants, postdoctorants, chercheurs, unités de recherche et plateformes • Très bonnes capacités rédactionnelles en anglais scientifique. Une expérience préalable dans le développement d'outils pour la métagénomique, l'ADN ancien, les grandes collections de génomes, les méthodes à base de k-mers, l'apprentissage profond, les infrastructures cloud/HPC, Galaxy ou des workflows bioinformatiques reproductibles constituera un atout important. Le Hub et l'Institut Pasteur s'engagent à promouvoir la parité et la diversité, les candidatures féminines sont encouragées.
Lieu : Paris 15ème - Métro Pasteur
Niveau d'étude souhaité : Bac + 5
Langue / Niveau :
Anglais : B2 - Opérationnel

2026-17323 - Ingénieur Virtualisation / Stockage

Fri, 07 Aug 2026 13:56:12 Z

Métier : Informatique/Ingénieur technique confirmé (Informatique)
Description du poste :
🔬L'Institut Pasteur, Institut de recherche Interdisciplinaire et International, contribue depuis plus de 130 ans à l'histoire de la science, de la médecine et de la santé publique avec une immense renommée. Fidèle à l'esprit humaniste de son fondateur, l'Institut Pasteur défend le caractère avant-gardiste nécessaire à la conduite de recherches biomédicales de pointe. Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur. 🔹 Un poste d'Ingénieur.e est à pourvoir au sein du groupe " Opérations SI ". Cette entité est chargée du maintien en condition opérationnelle de tout le socle technique du système d'information, ainsi que de la mise en œuvre de nouveaux projets destinés à moderniser le Campus et en sécuriser les infrastructures. 🎯Tâches principales : L'ingénieur.e aura en charge la gestion des systèmes de virtualisation et de l'administration des système. Il/elle assure la qualité des interactions avec les autres acteurs de la Direction des Systèmes d'Information (DSI), ainsi que d'autres directions comme le campus de scientifique en ce qui concerne l'hébergement d'application. Reconnu(e) dans son domaine, il/elle est également force de proposition. Ainsi les principales activités seront : - Gestion/administration de l'environnement VMWare (ESXi, VSphere, VRA, VDI, NSX). - Gestion/administration d'applications. - Concevoir, déployer, exploiter et optimiser au sein d'un parc de systèmes. - Assurer le rôle de chef de projet dans les évolutions d'infrastructure, mettre en place des standards en ce qui concerne la gestion du parc, préconiser des bonnes pratiques à usage des équipes. - Assurer une veille technologique et un suivi des évolutions de version. - Assurer le pilotage des prestations de services externes. - Analyser et résoudre les anomalies liées à la performance et à la scalabilité des systèmes et assurer le support technique de second niveau auprès des utilisateurs - Assurer la supervision et le monitoring des systèmes

✅ Diplômé.e BAC +5 (écoles d'Ingénieur ou master) ou équivalent en informatique, vous disposez de 3 à 5 années d'expérience en tant qu'ingénieur.e. Vous êtes reconnu.e pour vos compétences techniques et aimez partager vos connaissances. Votre expérience est un atout, et vous permet d'être à l'aise techniquement sur votre périmètre ce qui vous permet de prendre les décisions adéquates, dans la gestion des projets, et la résolution des incidents. Vous savez communiquer avec les différents niveaux de support pour les aidez à capitaliser sur les incidents et gagner en autonomie et en réactivité. Vous avez le sens du service. Vous avez des compétences rédactionnelles avérées sachant aussi bien entrer dans les détails avec clarté que faire preuve d'esprit de synthèse. Vous êtes parfaitement à l'aise en anglais aussi bien à l'oral qu'à l'écrit. On vous reconnaît des qualités d'organisation et une forte capacité de travail même lorsque vous devez gérer plusieurs sujets en parallèle. Vous savez travailler en toute autonomie. Vous souhaitez rejoindre une équipe enthousiaste, dans un environnement scientifique motivant sur des sujets de pointe pour la recherche biomédicale. 📑Vos conditions et environnement de travail : L'Institut Pasteur s'engage à offrir un environnement de travail inclusif et respectueux. Nous accueillons toutes les candidatures répondant aux critères du poste, en valorisant la diversité sous toutes ses formes et les parcours variés. Politique de congés et RTT très favorable (Forfait 204 jours) Possibilité de télétravail Forfait mobilité douce ou remboursement de 75% des titres de transport Cantine d'entreprise, restaurants, cafétérias Mutuelle familiale (gratuité conjoints/enfants) et service de santé pour les collaborateurs sur le campus Salles de sports, 30 activités culturelles/artistiques/sportives sur le campus Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées Environnement multiculturel (plus de 75 nationalités sur le campus) #PasteurRecrute2
Lieu : 75015 PARIS
Niveau d'étude souhaité : Bac + 5

2026-17058 - Ingénieur système Linux H/F/X

Fri, 07 Aug 2026 13:56:49 Z

Métier : Informatique/Ingénieur technique confirmé (Informatique)
Description du poste :
🔬 L'Institut Pasteur, Institut de recherche Interdisciplinaire et International, contribue depuis plus de 130 ans à l'histoire de la science, de la médecine et de la santé publique avec une immense renommée. Fidèle à l'esprit humaniste de son fondateur, l'Institut Pasteur défend le caractère avant-gardiste nécessaire à la conduite de recherches biomédicales de pointe. Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur. 🔹Un poste d'Ingénieur système est à pourvoir au sein du groupe " Opérations SI ". Cette entité est chargée du maintien en conditions opérationnelles de tout le socle technique du système d'information. Ce groupe est organisé en 3 pôles dont le pôle " Cloud Privé " qui assure la gestion des systèmes de stockage et d'hébergement. 🎯 Tâches principales : L'ingénieur système aura en charge la gestion des systèmes linux et les évolutions associées, l'hébergement et la maintenance des applications scientifiques, ainsi que, aidé de l'équipe, le support de niveau 2 et 3 sur le périmètre d'activité du pôle. Il assure la qualité des interactions avec les autres acteurs de la DSI, ainsi que d'autres directions. Reconnu dans son domaine, il est également spécialisé dans les activités du type : Concevoir, déployer, exploiter et optimiser au sein d'un parc à forte proportion de systèmes linux Assurer le rôle de chef de projet dans les évolutions d'infrastructure, mettre en place des standards en ce qui concerne la gestion du parc, préconiser des bonnes pratiques à usage des équipes. Assurer une veille technologique et un suivi des évolutions de version. Assurer le pilotage des prestations de services externes. Analyser et résoudre les anomalies liées à la performance et à la scalabilité des systèmes et assurer le support technique de second niveau auprès des utilisateurs. Assurer la supervision et le monitoring des systèmes.

✅ Votre profil: Diplômé BAC +5 (écoles d'Ingénieur ou master) ou équivalent en informatique, vous disposez de 5 à 10 années d'expérience en tant qu'ingénieur système. Vous êtes reconnus pour vos compétences techniques et aimez partager vos connaissances. Votre expérience est un atout, et vous permets d'être à l'aise techniquement sur votre périmètre ce qui vous permet de prendre les décisions adéquates, dans la gestion des projets, et la résolution des incidents. Vous savez communiquer avec les différents niveaux de support pour les aidez à capitaliser sur les incidents et gagner en autonomie et en réactivité. Vous avez le sens du service. Vous avez des compétences rédactionnelles avérées sachant aussi bien entrer dans les détails avec clarté que faire preuve d'esprit de synthèse. Vous êtes parfaitement à l'aise en anglais aussi bien à l'oral qu'à l'écrit. On vous reconnaît des qualités d'organisation et une forte capacité de travail même lorsque vous devez gérer plusieurs sujets en parallèle. Vous savez travailler en toute autonomie. Vous souhaitez rejoindre une équipe enthousiaste, dans un environnement scientifique motivant sur des sujets de pointe pour la recherche biomédicale. Compétences techniques : Expertise des systèmes linux et des outils spécialisés dans l'administration de parc Connaissances des problématiques d'automatisation (Kubernetes, Ansible) Expérience en administration de systèmes GNU/Linux, notamment CentOS et RedHat Bonnes connaissances des technologies Web (Django, Apache, Tomcat, php) Monitoring et collecte (Zabbix, Prometheus, Grafana, stack ELK) 📑Vos conditions et environnement de travail : L'Institut Pasteur s'engage à offrir un environnement de travail inclusif et respectueux. Nous accueillons toutes les candidatures répondant aux critères du poste, en valorisant la diversité sous toutes ses formes et les parcours variés. Politique de congés et RTT très favorable (Forfait 204 jours) Possibilité de télétravail Forfait mobilité douce ou remboursement de 75% des titres de transport Cantine d'entreprise, restaurants, cafétérias Mutuelle familiale (gratuité conjoints/enfants) et service de santé pour les collaborateurs sur le campus Salles de sports, 30 activités culturelles/artistiques/sportives sur le campus Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées Environnement multiculturel (plus de 75 nationalités sur le campus) #PasteurRecrute2
Lieu : 75015 PARIS
Niveau d'étude souhaité : Bac + 5
Langue / Niveau :
Anglais : B2 - Opérationnel
Langue / Niveau :
Français : C3 - Langue maternelle